肛门直肠周围脓肿自行破溃或手术切开引流后，创口可长期不能闭合，常有脓液流出来，这种不能愈合的原因有：
①内口的存在，脓肿虽已破溃或切开引流，但原发感染源在直肠内肛窦处，肛窦炎、肛腺感染继续存在，肠腔内污染物仍不断地从内口进入感染灶，再扩散到肛管直肠的周围间隙中，当脓肿破溃或切开后便形成了继发性外口，脓性分泌物不断流向外口，长期的炎症刺激及反复感染，导致脓腔壁的结缔组织和肉芽组织不断增生，缩窄成管状，外口缩小，脓液排出，炎症减轻时外口暂时闭合。但内口继续感染，可重新肿痛、化脓、外口又流脓不能愈合。
②直肠内的粪便、肠液和气体可继续不断进入瘘道内口，刺激管壁，肉芽增生变厚，使管腔难以闭合。
③脓腔引流不畅或外口闭合缩小，这种创口时闭时溃是本病特点，脓液储积腔内，导致脓肿再发，可穿破形成新的支管和瘘道，所以在肛周皮肤上可出现两个以上的多个外口。
④脓腔多穿过肛门括约肌，由于炎症刺激，使肛门括约肌常处于痉挛状态，使脓腔形成的管道弯弯曲曲，又细又长脓液不易排出，造成脓腔总是有残余的脓液，使瘘道经久不愈。
由于上述原因，脓肿破溃或切开引流后，在肛周皮肤上的外口反复发作，经常流脓，使患者感到非常烦恼，内裤总是不干净，剧烈活动后因脓液刺激，皮肤摩擦、发痒而使痛苦加重，影响患者的工作、学习与休息。
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