与流脑患者的密切接触者，既往又未接种过流脑菌苗者，特别是托幼机构的婴幼儿、学龄儿童、新兵、小暴发流行的村庄居民、集体宿舍中的工人等应该服用化学药物预防。
磺胺药如磺胺嘧啶每天2克共服2天。国内很多报道其预防效果不佳，消除咽部带菌也不理想。二甲胺四环素每天200毫克，共服3天，能消除67.4%一84%的带菌者。但有前庭症状的副作用报告。利福平每天1.2克，共服2天，儿童1—12岁每公斤体重10毫克，1岁以下每公斤体重每天5毫克，有91%一95%的除菌效果。利福平加二甲胺四环素(剂量同上)，联合用药后2周咽部消菌效果100%。但服用利福平者10%出现耐药菌株；联合用药者33.3%出现头痛、头晕及胃肠道症状。螺旋霉素，儿童每公斤体重每天50毫克；成人1天3克，分3次服，连服2天。该药的最小抑菌浓度为1.6微克/毫升，预防后2周除菌效果达97.8%一100%；有0.2%的菌株可产生耐药；是法国目前推荐用于流脑的预防药。
我国70年代曾报道用“狗乃根”及“黄藤”等中草药，认为可以预防流脑。后经严格对照观察均证明无效。建议中草药预防流脑必需经科学实验证实后才能推广使用。
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