流行性脑脊髓膜炎病人受到感染后随着病情的发展，大致可分为三期。早期为呼吸道感染期，此时如得到及时恰当的治疗，病情可能就中止在此期。若未经治疗病情可以进入菌血症期。此期病情较前严重，有高热、恶心、呕吐、神情呆钝，由于细菌侵入血液循环堵塞毛细血管和毒素损坏血管壁，全身可出现大小不等的出血性皮疹。此时若不及时抓紧治疗，就会发展到脑膜炎期。严重的病人不仅脑膜发炎，甚至大脑本身也可受累而发生充血、水肿和点状出血、脑细胞退化等改变。此时及时抓紧治疗，少数严重的病人治愈后也会留下神经系统的后遗症，如瘫痪、癫痫、失明和智力障碍等。在脑膜炎期常常会出现休克，严重休克的病人，全身散在的出血点迅速增加，融合成大片淤斑，同时内脏许多重要器官也发生严重的血管内病变，如不及时抢救，病情很难恢复。当脑内发生病变时，由于脑膜和脑本身发生充血、水肿，使脑的体积增大，但头颅骨并不能随其内容物的增大而扩张，以致使颅内压力增高，病人表现为频繁抽搐或呕吐，很快由嗜睡转入深昏迷，呼吸节律不整，可发生呼吸功能衰竭而死亡。
在流脑早期如果能够及时治疗。是完全可以治愈，而且不会发生后遗症的。若治疗过晚，手、足、口病
由于病情进展快，很可能演变为危重情况，抢救非常棘手，病死率高，即使是抢救后能够存活下来，也要留下严重的后遗症而致终生残疾。鉴于以上情况，所以当此病流行季节（冬末至夏初）遇到小儿发热、头痛时，应及时到医院就医，不可大意。一旦诊断为流脑，一定要分秒必争地积极进行治疗。
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