由于口蹄疫的临诊特征与水疱性口炎、猪水疱病、猪水疱疹极为相似，为此不能作为确诊的依据，必须采取水疱液或水疱皮进行以下几方面的实验室诊断。
(1)小鼠接种试验
将病料用青、链霉素处理后分别接种成年、2日龄和7一9日龄小鼠，如2日龄和7一9日龄乳鼠都发病死亡，可诊断为口蹄疫，如仅2日龄乳鼠发病死亡则为猪水疱病。
(2)血清保护试验 通常采用乳鼠作血清保护试验。可用已知血清鉴定未知病素，也可用已知病毒鉴定未知血清。
(3）血清中和试验
可用于鉴定康复猪的抗体和病毒。采用乳鼠中和试验或细饱中和试验均可。此外，也可应用对流免疫电泳、反向间接血凝抑制试验、补体结合试验检测病毒或抗体，从而作出诊断。
(4)抗酸性(pH5.0)试验 依据口蹄疫病毒对pH5.0敏感，而猪水疱病病能抗pH5.0的特性，可以鉴别这两种病毒。
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